Il y a plusieurs écoles de shiatsu au Japon. Mais trois courants majeurs au début du XXIe siècle demeurent :
* Le Shiatsu Namikoshi, encore répandu au Japon,
* Le Shiatsu Masunaga, plus connu en Europe (au moins de réputation) qu’au Japon. Masunaga, philosophe, fut un élève de Namikoshi. Il estima qu'en apportant la théorie de la médecine traditionnelle chinoise au shiatsu, on gagnerait en efficacité dans le soin. Ce shiatsu-là fut le plus diffusé en Europe au cours des années 1970. Le Iokaï shiatsu est probablement le plus complet dans ce type de pratique.
* Le Shiatsu Myo-Énergétique développé en Europe, aux États-Unis et au Japon sous l’égide d’un maître, Dr. Taichi Sorimachi, et de quatre disciples installés sur quatre continents, Hiroshi Iwaoka étant le porteur de la myo-énergétique en Europe.
Chacun des trois shiatsu comporte des points communs, des complémentarités, et il est certain que c’est en définitive la qualité professionnelle (technique et éthique) du/de la praticien/ne qui fait un bon shiatsu.